理研ベンチャー　(有)高速計算機研究所
MDGRAPE-3を販売している理研ベンチャーです。
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MDGRAPE-3
ＭＤＧＲＡＰＥ-3は（独）理化学研究所高速分子シミュレーション研究チーム（泰地真弘人チームリーダー）が開発した分子動力学シミュレーション専用の超高速計算機です。ＭＤGRAPE-3チップは、１チップで、165GFlopsの計算速度を実現しています。MDGRAPE-3を用いることで、たんぱく質や新規材料等の分子動力学シミュレーションの他に、線結晶解析での構造因子計算、渦法やＳＰＨ法による流体計算、電磁気計算、境界要素法などの計算を加速できます。
 MDGRAPE-3
GRAPE

GRAPE(GRAvity PiPE)とは東京大学が1989年から開発を続けている天文シミュレーション計算機の名称です。その後、理化学研究所は同システムをベースに分子動力学シミュレーション用計算機としてMDGRAPE-2、MDGRAPE-3を開発しています。

分子動力学シミュレーション
分子動力学シミュレーションは、物理・化学・生物学の原子レベルでの物性研究にもっとも重要な手法の一つです。このシミュレーションでは、ニュートンの運動方程式を数値積分で解いて原子の動きを計算します。この計算では原子の間に働く力、特に非結合力（クーロン力や分子間力）の計算に大半の時間を費やします。そのため、非結合力を高速に計算する専用計算機によって効率よくシミュレーションを加速できます。
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高速分子シミュレーション
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